Необходимо отметить, что доходы от использования в РФ прав на объекты интеллектуальной собственности, полученные иностранной организацией, которые не связаны с ее предпринимательской деятельностью в РФ, относятся к доходам иностранной организации от источников в РФ и подлежат обложению налогом на прибыль организаций, удерживаемым у источника выплаты доходов (пп. 4 п. 1 ст. 309 НК РФ).

В частности, к таким доходам относятся платежи любого вида, получаемые в качестве возмещения за использование или за предоставление права использования товарных знаков.

Если налогоплательщиком является иностранная организация, получающая доходы от источников в РФ, не связанные с постоянным представительством в РФ, то обязанность по определению суммы налога, удержанию этой суммы из доходов налогоплательщика и перечислению налога в бюджет возлагается на российскую организацию, выплачивающую указанный доход иностранной организации (п. 4 ст. 286 НК РФ).

В соответствии с п. 1 ст. 310 НК РФ налог с доходов, полученных иностранной организацией от источников в РФ, исчисляется и удерживается российской организацией, выплачивающей доход (налоговый агент) иностранной организации, при каждой выплате доходов, указанных в п. 1 ст. 309 НК РФ, за исключением случаев, предусмотренных п. 2 ст. 310 НК РФ, в валюте выплаты дохода.

В этом пункте говорится: при применении положений международных договоров РФ иностранная организация, имеющая фактическое право на получение дохода, должна представить налоговому агенту, выплачивающему такой доход, подтверждение того, что она имеет постоянное местонахождение в государстве, с которым Российская Федерация заключила международный договор (соглашение), регулирующий вопросы налогообложения. Подтверждение должно быть заверено компетентным органом соответствующего иностранного государства. В случае если такое подтверждение составлено на иностранном языке, налоговому агенту представляется также перевод на русский язык.

Помимо этого, налоговый агент, выплачивающий доход, для применения положений международных договоров РФ вправе запросить у иностранной организации подтверждение, что она имеет фактическое право на получение соответствующего дохода.

Как следует из п. 1 ст. 312 НК РФ, в отношении дохода, для которого международным договором предусмотрен льготный режим налогообложения в России, освобождение от удержания налога (удержание по пониженным ставкам) производится у источника выплаты при представлении иностранной компанией указанного подтверждения налоговому агенту до даты выплаты дохода.

С 1 января 2017 г. на основании Федерального закона от 15.02.2016 N 32-ФЗ в новой редакции излагается п. 1 ст. 312 НК РФ.

В ранее действующей редакции говорилось, что налоговый агент вправе запросить у иностранной организации подтверждение, что она имеет фактическое право на получение соответствующего дохода. А действующая редакция предусматривает, что иностранная организация должна представить это подтверждение.

Действующим законодательством о налогах и сборах РФ не установлены содержательные критерии и формальные требования, согласно которым сертификаты, подтверждающие налоговый статус налогоплательщика в иностранном государстве, используются российскими налоговыми агентами и налоговыми органами в целях исполнения международных договоров об избежании двойного налогообложения.

В то же время такие документы подлежат применению российскими налоговыми агентами и налоговыми органами, в случае если содержат:

• наименование налогоплательщика;

• период, за который подтверждается налоговый статус;

• наименование международного договора, сторонами которого являются Российская Федерация/СССР и соответствующее иностранное государство, в целях исполнения положений которого выдается документ о подтверждении налогового статуса;

• подпись уполномоченного должностного лица компетентного органа иностранного государства.

В случае если сертификат, подтверждающий налоговый статус налогоплательщика в иностранном государстве, не содержит информацию о периоде, за который подтверждается статус налогоплательщика, таковым считается год, в котором упомянутый сертификат был выдан. 

Таким образом, если должным образом не исследовать этот вопрос при подготовке к налоговым проверкам, то налоговый орган может сделать вывод о том, что Обществом искусственно не производилась выплата в соответствующем периоде в пользу иностранной компании, которая владеет 100% долей Общества, ввиду отсутствия у последней возможности получения сертификата, подтверждающего статус налогового резидента. Также налоговый орган может сделать вывод о том, что при указанных выше обстоятельствах, стал возможен вывод денежных средств без уплаты налогов на территории РФ ввиду получения иностранной компанией ранее сертификата, подтверждающего статус налогового резидента.